離子色譜儀工作原理是充分利用固定相與流動相間的交換作用，固定相中離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子在分離色譜柱中滯留時間長短不同，分析物溶質與交換劑之間親和力的差異性進行分離。
離子色譜儀工作原理的操作流程：
1、對淋洗液系統進行必要檢查，打開氬氣氣瓶開關，調節減壓閥指示為0.2-0.3Mpa;打開淋洗液系統氣源裝置，調節減壓閥，使指示表顯示為3-6PSi。
2、分別按順序打開主機-電腦-打印機等設備電源開關，對設備進行上電操作。
3、系統處理及控制系統上電接通后，進入操作界面，并進入系統操作面板，準備操作前的準備及管理工作。
4、打開泵。如色譜分析儀長時間不使用或更換淋洗液后，要先打開平衡泵頭上的PRIME閥排氣后再開泵，待泵壓力穩定后再打開抑制器電源。
5、在進入色譜柱之前通過進樣器將樣品導入,流動相將樣品帶入色譜柱,在色譜柱中各組分被分離,并依次隨流動相流至檢測器。
6、檢測器檢測到的信號送至數據系統，利用操作界面做完樣后，選擇檢測標準進入數據處理，對采集數據進行記錄、處理、打印或者保存等操作。
7、關機，系統關機需要根據檢測樣品不同選擇不同關機步驟。對于陰陽離子，需要先將抑制器電流關掉，然后再關泵，最后關主機。
離子色譜儀工作分離的原理是基于離子交換樹脂上可離解的離子，與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間，進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。適用于親水性陰、陽離子的分離。例如幾個陰離子的分離，樣品溶液進樣之后，首先與分析柱的離子交換位置之間直接進行離子交換，如用NaOH作淋洗液分析樣品中的F-、Cl-和SO42-，保留在柱上的陰離子即被淋洗液中的OH-基置換并從柱上被洗脫。對樹脂親和力弱的分析物離子先于對樹脂親和力強的分析物離子依次被洗脫，這就是離子色譜分離過程，淋出液經過化學抑制器，將來自淋洗液的背景電導抑制到較小，這樣當被分析物離開進入電導池時就有較大的可測量的電導信號。
